2okna Cafe usytuowana jest na parterze XVI-wiecznej kamienicy dawnego kahału, urzędu gminy żydowskiej, ze sklepieniami krzyżowo-kolebkowymi oraz renesansowymi kolumnami międzyokiennymi. W 1693 roku budynek został zniszczony przez pożar. W 1773 roku spłonęła znajdująca się w nim część archiwum kahalnego. W latach 1770–1790 mieszkał tu pisarz kahalny Pinchas Horowitz (syn pisarza, syndyka gminy), który odegrał znaczną rolę w walce Żydów krakowskich o prawa handlowe.

Budynek został odnowiony w latach 1969–1971. W czasie prac konserwatorskich odkryto na pierwszym piętrze w ścianie zachodniej wąskie przejście do sali modlitewnej, położonej o kilka stopni niżej, dobudowano także drugie piętro oraz wykonano główne wejście do połączonych budynków (połączenie z Synagogą Wysoką) oraz klatkę schodową na piętro.

Pierwotną sień z bramą wjazdową zamieniono na pomieszczenia biurowe. Na parterze i na pierwszym piętrze odkryto w pomieszczeniach od strony ul. Józefa kolumny międzyokienne. W latach 1969–1971 przeniesiono z sąsiedniej bożnicy późnorenesansową skarbonę, która została wmurowana w ścianie przy schodach prowadzących na piętro.*

Piękny i tajemniczy ogród na tyłach Synagogi, dający wytchnienie i spokój w upalne dni, do którego możemy zajrzeć poprzez wychodzące z głównej sali dwa okna, przedzielone majestatyczną, renesansową kolumną oraz grube, ozdobne, kamienne mury, przypominające starą część Krakowa i to, że jesteśmy jej częścią.